Logo del IIBCE imagenes del IIBCE

División Ciencias Microbiológicas

DEPARTAMENTO DE BIOQUÍMICA Y GENÓMICA MICROBIANAS

 

Perfil

 

El Departamento de Bioquímica y Genómica Microbiana está compuesto por cuatro grupos de investigación que tienen como objetivo común la investigación fundamental y la investigación biotecnológica o aplicada en diferentes áreas de la microbiología:


Bioquímica y Genómica Microbiana (BIOGEM) bajo la responsabilidad de la Profesora Titular de Investigación Elena Fabiano.


Interacción Planta Microorganismo (IPM), bajo la responsabilidad del Profesor Agregado de Investigación Federico Battistoni.


Ecología Microbiana (LEM), bajo la responsabilidad de la Profesora Agregada de Investigación Claudia Etchebehere.


Microbiología Molecular (MicroMol), bajo la responsabilidad de la Profesora Adjunta de Investigación Silvia Batista.


Los focos de interés del Departamento están centrados en el estudio de los ciclos biogeoquímicos del C, del N, del P, del Fe y del Mn;  regulación del metabolismo bacteriano; genómica bacteriana; ingeniería metabólica; ecología microbiana;  agroecología; microbiología antártica; microorganismos promotores del crecimiento vegetal; producción de fuentes de energía alternativas; biocombustibles; entre otros. 

 

 

 

Integrantes

 

Dra. Elena Fabiano.

Profesora Titular de Investigación.

efabiano@iibce.edu.uy

Dra. Claudia Etchebehere.

Profesora Agregada de Investigación.

cetchebe@iibce.edu.uy

Dr. Federico Battistoni.

Profesor Adjunto de Investigación.

fbattistoni@iibce.edu.uy

Dr. Raúl Platero.

Profesor Adjunto de Investigación.

rplatero@iibce.edu.uy

Dra. Sivia Batista.

Profesora Adjunta de Investigación.

sbatista@iibce.edu.uy

Dra. Natalia Bajsa.

Técnico que realiza Investigación.

nbajsa@iibce.edu.uy

Dra. Vanesa Amarelle.

Contrato horas docentes para actividades de investigación (Posdoctorado)

vamarelle@iibce.edu.uy

Dra. Patricia Vaz.

Contrato horas docentes para actividades de investigación (Posdoctorado)

pvaz@iibce.edu.uy

Dra. María Morel.

Contrato horas docentes para actividades de investigación (Posdoctorado)

mmorel@iibce.edu.uy

Dra. Victoria De la Sovera.

Posdoctorado beca CAP.

vicosovera@gmail.com

Dr. Antonio Djalma Ferráz.

Postdoctorado.

djalmaferraz@gmail.com

Dr. Francisco Noya.

Investigador Asociado Honorario.

fnoya@iibce.edu.uy

Dra. Susana Castro Sowinski.

Investigadora Asociada Honoraria.

scastro@iibce.edu.uy

Dra. Marianoel Pereira.

Contrato horas docentes para actividades de investigación - Nivel II.

mpereira@iibce.edu.uy

Dra. Cecilia Taulé.

Contrato horas docentes para actividades de investigación - Nivel II.

ctaule@iibce.edu.uy

Mag. Cecilia Rodríguez.

Contrato horas docentes para actividades de investigación - Nivel I. Estudiante Doctorado PEDECIBA Biología.

crodriguez@iibce.edu.uy

Mag. Cintia Mareque.

Contrato horas docentes para actividades de investigación - Nivel I. Estudiante Doctorado

cmareque@iibce.edu.uy

Mag. Verónica López.

Estudiante de Doctorado en Biotecnología.

vlopez@fcien.edu.uy

Lic. Valentina Carrasco.

Estudiante de Maestría, PEDECIBA-Biología.

vcarrasco@iibce.edu.uy

Lic. Laura Sandes.

Estudiante de Maestría, PEDECIBA-Biología.

lsandes@iibce.edu.uy

Mag. Patricia Bovio.

Contrato horas docentes para actividades de investigación - Nivel I. Estudiante de Doctorado en Biotecnología. Becari ANII.

pbovio@iibce.edu.uy

Lic. Matías Giménez .

Contrato horas docentes para actividades de investigación Nivel - Estudiante de Maestría, PEDECIBA.

gimenezm720@gmail.com

Mag. Ana Karen Malán.

Estudiante de Doctorado PEDECIBA. Becaria ANII.

kmalan@iibce.edu.uy

Mag. Daniella Senatore.

Estudiante de Doctorado PEDECIBA Biología. Beca ANII.

dsenatore@iibce.edu.uy

Mag. Laura Fuentes.

Estudiante de Doctorado en Biotecnología. Beca ANII.

lfuentes@iibce.edu.uy

Lic. Belén Fernandez.

Estudiante de Maestría, PEDECIBA-Biología.

bfernandez@iibce.edu.uy

Lic. Matilde Lanza.

Estudiante de Maestría en Biotecnología.

mlanza@iibce.edu.uy

Lic. Braulio Riviezzi.

Estudiante de Maestría en Biotecnología.

braulioriviezzi94@gmail.com

Lic. Lucía Coimbra.

Estudiante de Maestría en Biotecnología.

lucoimbra.3@gmail.com

Lic. Daniel Lassevich.

Estudiante de Maestría en Biotecnología.

deancool1@hotmail.com

Cecilia de los Santos

Contrato por Proyecto

cdelossantos@iibce.edu.uy

Bach. Sabina Fleitas.

Colaboradora Honoraria. Pasantía

sfleitassouto@gmail.com

Andrés Costa.

Colaborador Honorario

andrescosta1991@gmail.com

Lic. Laura Sandes.

Estudiante Maestría PEDECIBA. Becaria ANII.

flo.garabato14@gmail.com

Carolina Croci.

Colaborador Honorario

carocroha@gmail.com

Ignacio Eastman.

Colaborador Honorario

ignacio.eastman4@gmail.com

Mag. Tania Trasante.

Estudiante de Doctorado

taniatrasante@gmail.com

Angeline Saadoun

Contrato por Proyecto

 angeline.saadoun@gmail.com

Mariángeles García

 

maru.gcr@gmail.com

actualizado el 28-08-2019.

Líneas de investigación:

 

Líneas de Investigación en beta-rizobios y leguminosas nativas (Responsable: Raúl Platero)

Perfil: El grupo de investigación beta-rizobios y leguminosas nativas surge del interés de nuestro Departamento de estudiar la diversidad de rizobios naturalmente asociados a leguminosas nativas. La descripción de rizobios pertenecientes a los géneros Paraburkholderia y Cupriavidus asociados a diversas leguminosas nativas, nos motivó a profundizar en el estudio de la diversidad de estos beta-rizobios en nuestro país. A su vez, en base a la poco información disponible, nos propusimos estudiar los mecanismos implicados en el establecimiento de simbiosis entre este grupo de rizobios y sus leguminosas hospederas. Para poder cumplir con estos objetivos, por un lado recorremos el país buscando nódulos de leguminosas nativas, en especial del género Mimosa, para aislar e identificar los rizobios naturalmente presentes en ellos. Por otro lado empleamos técnicas de biología molecular y aproximaciones ómicas para estudiar la expresión de genes, proteínas y moleculas implicadas en estas interacciones empleando algunos modelos desarrollados por nuestro grupo.

Profile: The research group “Beta-rhizobia and native legumes” arises from the interest of our Department to study the diversity of rhizobia naturally associated with native legumes. The description of rhizobia belonging to the genera Paraburkholderia and Cupriavidus associated to diverse native legumes, motivated us to deepen in the study of the diversity of these beta-rhizobia in our country. In addition, and based on the little information available, we set out to study the mechanisms involved in the establishment of symbiosis between this group of rhizobia and their host legumes. In order to fulfill these objectives, we travel around our country looking for nodules of native legumes, especially of the genus Mimosa, to isolate and identify the rhizobia naturally present in them. On the other hand, we use molecular biology techniques and omic approximations to study the expression of genes, proteins and molecules involved in these interactions by using plant-bacteria models developed by our group.

tulo: Desarrollo e implementación de herramientas moleculares para el estudio de bacterias promotoras del crecimiento vegetal
Texto: Mediante el desarrollo de esta línea se pretende abordar solucionar una de las limitantes más importantes para el estudio de bacterias promotoras del crecimiento vegetal; las limitadas herramientas genéticas disponibles para su estudio. Con este fin se propone la generación de vectores adecuados para el estudio de la interacción planta-microorganismo en aquellas bacterias con potencial biotecnológico presentes en las colecciones generadas en el Departamento de Bioquímica y Genómica Microbiana (BIOGEM) del IIBCE. Mediante el desarrollo de estas herramientas será posible entre otras cosas, la generación de mutantes en genes de interés, la inserción de genes en el cromosoma, el marcaje de bacterias seleccionadas con proteínas fluorescentes, así como la cuantificación de la expresión de promotores de genes claves en la interacción planta-microorganismos.

tulo: Diversidad de beta-rizobios asociados a leguminosas nativas
Texto: Nuestro país cuenta con una gran biodiversidad de especies animales y vegetales, pero la mayor parte de la biodiversidad es invisible; son los microorganimos presentes en nuestros ecosistemas. Los rizobios son bacterias del suelo capaces de asociarse con plantas leguminosas y llevar adelante el proceso de fijación biológica del nitrógeno (FBN). En este, las bacterias reducen el dinitrógeno atmosférico, transformandolo en amonio para ser utilizado en la biosintesis de moleculas orgánicas. La simbiosis establecida por rizobios y leguminosas, permite que las plantas se desarrollen sin la necesidad de agregar nitrógeno en forma de fertilizante y que las mismas pueden ser usadas tanto para la producción de alimento como para larecuperación de suelos degradados. En esta linea de investigación queremos conocer quienes son los rizobios que se asocian naturalmente con las leguminosas de nuestro país. En particular contamos con una colección de mas de 60 aislamientos de rizobios pertenecientes a los generos Cupriavidus y Burkholderia los cuales estamos caracterizando fisiologicamente, analizando sus genomas y determinando sus relaciones filogenéticas. Uno de los objetivos buscados es seleccionar cepas adecuadas para su uso como biofertilizantes.

tulo: Mecanismos moleculares implicados en la interacción entre beta-rizobios y leguminosas nativas
Texto: El establecimiento de relaciones simbióticas entre rizobios y leguminosas hospederas esta finamente regulado, exigiendo una expresión génica coordinada entre ambos organismos. Esta coordinación comienza cuando los organismos se reconocen mutuamente mediante el intercambio de señales en la rizósfera y culmina con la formación de órganos especializados en la raíz de las plantas hospederas en los cuales las bacterias llevan cabo el proceso de fijación biológica de nitrógeno. Por ende comprender los mecanismos moleculares implicados en las primeras etapas de la interacción, es fundamental para poder diseñar y aplicar sistemas simbióticos sustentables. El objetivo principal de esta línea de investigación es caracterizar en profundidad los cambios que ocurren durante el establecimiento de asociaciones simbióticas efectivas entre beta-rizobios del género Cupriavidus y sus plantas hospederas. Para esto estamos estudiando la expresión diferencial de genes y proteínas bacterianas en distintas etapas de la interacción.

 

Línea de Investigación en Ecología Microbiana (Responsable: Caludia Etchebehere)

Las bacterias son los organismos más diversos y versátiles del planeta, y controlan mayormente las tasas de los ciclos de los elementos en el ambiente. Poseen fisiologías, estrategias de comunicación y mecanismos de evolución extraordinariamente diversos y sofisticados.

Los ecólogos se han interesado en los microorganismos por mucho tiempo, pero carecían de las herramientas apropiadas para observarlos con detalle. Esto ahora ha cambiado gracias al advenimiento de técnicas moleculares.

El objetivo principal del Grupo de Ecología Microbiana es comprender los mecanismos que gobiernan las interacciones entre microorganismos y con el ambiente. En este sentido se estudian tanto ecosistemas naturales como sistemas con aplicaciones biotecnológicas. Desde el punto de vista de la Ecología Microbiana nos interesa conocer qué microorganismos están presentes, cual es la estructura de la comunidad microbiana y cuál es el rol de los microorganismos en el ecosistema. Desde el punto de vista de la aplicación nos interesa conocer la microbiología para optimizar procesos tales como biocontrol de patógenos, bioremediación, descontaminación de aguas residuales, producción de biocombustibles como hidrógeno y metano y de electricidad en celdas microbianas. Los ecosistemas que estudiamos incluyen: microorganismos del suelo, de la rizósfera de plantas, de sistemas de tratamiento de aguas residuales y de diferentes ecosistemas de la Antártida.

La complejidad del tema exige que confluyan diferentes aproximaciones metodológicas para su estudio las que comprenden disciplinas tales como la química analítica, bioquímica, biología molecular, microbiología, fisiología y ecología.

 

Línea de Investigación: Estudio de la microbiota asociada a cultivos de interés agronómico con el fin de desarrollar prácticas agrícolas sustentables (Responsable: Federico Battistoni)

El uso de fertilizantes químicos para la mejora de la productividad de los cultivos, es una práctica muy común en la actualidad. Sin embargo, dicha práctica tiene efectos muy negativo sobre el medio ambiente y sobre los costos de producción. Con respecto al medio ambiente, se estima que el 50% de los fertilizantes aplicados, muchas veces en exceso, se pierde en el suelo por lixiviación, erosión del suelo, o emisiones gaseosas. Esto trae como consecuencia la acidificación del suelo, la contaminación superficial y subterranea del agua, así como la pérdida de biodiversidad y producción de gases de efecto invernadero. Por otra parte, los fertilizantes químicos son uno de los principales gastos de producción en la agricultura de países como el nuestro, el cual importan gran porcentaje de los mismos. Estas problemáticas hacen necesaria la búsqueda de alternativas sustentables, económica y ambientalmente, al uso de fertilizantes químicos.
En este contexto surge como una excelente alternativa biotecnológica el uso de bacterias promotoras del crecimiento vegetal (BPCV) sujeto de estudio de nuestro grupo. Los mecanismos por los cuales las bacterias promueven el crecimiento vegetal pueden clasificarse en directos o indirectos. Entre los mecanismos directos se incluye: 1- la producción de fitohormonas (auxinas, giberlinas, citoquininas), o proteínas que regulan sus niveles en la planta como la ACC desaminasa; 2- la fijación biológica del nitrógeno (FBN); 3- el incremento en la solubilización de minerales (ej. P, K, Fe); 4- la producción de sustancias fenólicas estimulantes de la germinación de semillas, la emergencia y el establecimiento de la plántula. Por otra parte, la promoción indirecta del crecimiento incluye: 1- el control biológico de fitopatógenos mediante la inducción de los mecanismos de defensa de la planta, la producción de sustancias antagónicas, la competencia por el hábitat ecológico o sus nutrientes; 2- el favorecer la tolerancia a estreses abióticos. La promoción del crecimientopor las bacterias depende de la especificidad de la interacción planta-bacteria, en donde influye el genotipo de la planta, la microbiota asociada a la misma, el tipo de suelo, así como de las condiciones agroclimáticas. Esto resalta el hecho de la importancia de realizar los estudios para cada caso bacteria-planta particular.
En nuestro grupo nos centramos particularmente en el estudio de las bacterias endófitas, aquellas que colonizan activamente los tejidos internos de las plantas y establecen asociaciones sin causarle daño aparente. En contraste con los sistemas endosimbióticos o patogénicos bien estudiados, poco se sabe de las bases moleculares de la interacción endófito-planta hospedera. Sin embargo, existe una amplia evidencia del efecto PCV que éstas confieren a plantas de interés agronómico, siendo un campo de estudio en constante desarrollo. En este sentido el estudio y explotación de dicha interacción puede jugar un rol significativo en la sustentabilidad de los sistemas de producción agrícolas siendo el área de estudio de nuestro grupo. Entre los cultivos de interés nacional que estudiamos se encuentran el sorgo dulce, la caña de azúcar, la canola, el cáñamo y la festuca. En estos cultivos nos centramos en entender los mecanísmos básicos imperantes de la interacción planta-microbiota con la finalidad última de desarrollar bioinoculantes para mejorar la producción de los mismos.

 

 

actualizado el 4-6-2017.

Proyectos

 

Proyectos de investigación en curso o aprobados en 2019

Análisis de la proteostasis de un beta rizobio durante el establecimiento de la simbiosis con su hospedero mediante ribosome profiling y proteómica de alto rendimiento. ANII- Fondo Clemente Estable (FCE_1_2017_1_136082). IP: Raúl Platero. 01/05/2018-1/05/2020

"Hacia el desarrollo de un bioinoculante para variedades comerciales de sorgo dulce (Sorghum bicolor) basado en bacterias endófitas-diazótrofas nativas”. IP: Federico Battistoni. Participantes: Cintia Mareque. Gabriela Heijo, Cecilia Taulé, Patricia Vaz, Raúl Platero. 3/2018-3/2020

Implicancias de la interacción triple soja-bradirizobios-Delftia sp. JD2 sobre la respuesta vegetal. FMV Modalidad 1 (Fondo María Viñas) ANII. Investigadores: María Morel (Responsable), Braulio Riviezzi y Susana Castro. 2018-2020

Hidrocarburos y microorganismos: Desarrollo de métodos para la prospección microbiana de hidrocarburos y la biorremediación de suelos. Ángela Cabezas (responsable del proyecto), Claudia Etchebehere (participante). Proyecto financiado por ANII Fondo Sectorial de Energía, 2018-2019

Descubriendo el rol de bacterias no cultivables del filo Chloroflexi relevantes en sistemas de tratamiento de efluentes. Ángela Cabezas (responsable), Claudia Etchebehere, Patricia Bovio (participantes). Proyecto financiado por el Fondo Vaz Ferreira D2C2. 2018-2019

“Microorganismos promotores del crecimiento vegetal presentes en la Antártida”. Natalia Bajsa (responsable), Daniella Senatore, Patricia Vaz, Gastón Azziz, Rebeca Gonet, Silvina García, Fabiana Pezzani. Instituto Antártico Uruguayo, IAU (financiación de traslados y logística). 2019-2020

“Núcleo Interdisciplinario Colectivo TÁ. Impactos de la intensificación de los sistemas agroalimentarios y sociedad: transgénicos y plaguicidas, de problemas a construcción de alternativas”. Claudio Martínez e Inés Gazzano (responsables), Natalia Bajsa, Mailén Arleo, Guillermo Galván, Alberto Gómez Perazzoli, Liliana Terradas, David Abraham, Mariela Garau, Santiago Mirande, Laura Rosano, Elisa Bandeira, Victoria Evia, Florencia Alfonso, Mariano Beltrán, Gastón Carro, Ma. Isabel Andreoni, Patricia Artía, Pablo Galeano, Mabel Burger, Rafael Vidal, Marcel Achkar, Adriana Cauci, Lara Taroco, Analía Cartelle. Espacio Interdisciplinario, UdelaR. 2017-2019

“Microorganismos eficientes nativos como herramienta de inclusión: producción desde el aula”. Natalia Bajsa (responsable), Silvina García, Daniella Senatore, Tania Trasante, Claudia Piccini, Gastón Azziz, Gabriela Illarze, Stella Faroppa, Beatriz Bellenda, Federico Mesa, Micaela Sanguinetti, Gimena Etcheverriborda. ININ_ANII_137009. 2018-2020

“Microorganismos nativos como agentes de control biológico de patógenos de tomate”. Natalia Bajsa, Gastón Azziz y Claudio Martínez (responsables). Juan Manuel Ruiz-Esquide, Mateo Francois, Adrián Ortiz (participantes). Programa PAIE-CSIC. . 2019

“Caracterización y cuantificación del efecto de biopreparados sobre cultivos hortícolas en la región Este de Uruguay”. Grisel Longo (responsable), Natalia Bajsa, Gastón De León, Natalia Arbulo, Juan Manuel Piñeiro. Proyecto Eccosur, MVOTMA. 2019-2020

Turning industrial wastes into value-added chemical products. Claudia Etchebehere (responsable), Laura Fuentes y Elena Castelló (Facultad de Ingeniería) (participantes). Proyecto financiado por Organisation for the Prohibition of Chemical Weapons (OPCW). 2018-2019

Diseño racional de vectores para la implementación de Pseudomonas y Arthrobacter psicrófilas en la construcción de bibliotecas metagenómicas funcionales especialmente diseñadas para la identificación de enzimas psicrófilas. Equipo: Vanesa Amarelle (Investigador responsable), Elena Fabiano. Fondo Clemente Estable – ANII. 02/2019 – 03/2021

Searching for New Bacterial Functions in Antarctic Lithobionts. Equipo: Elena Fabiano (Investigadora responsible), Valentina Carrasco, Vanesa Amarelle, Pablo Smircich, José Sotelo-Silveira. CSP-Department of Energy. EEUU. 05/2019 - 2021

 

Proyectos de investigación concluidos entre 2015-2018

Genómica funcional de la interacción Cupriavidus-Mimosa. Proyecto FCE_1_2014_1_10438. IP: Raúl Platero. 1/11/2015 -01/12/2018

Elaboración colectiva de biopreparados para uso agropecuario en predios agroecológicos familiares, zona de influencia de la Regional Toronjil-Red de Agroecología. Mauricio Alchurrut (responsable), Natalia Bajsa, Guillermo Galván, Raúl Platero, Daniel Lassevich, Zoia Peirano. Proyecto Más Tecnologías para la Producción Familiar. Dirección General de Desarrollo Rural, MGAP. 2017-2018

“Manejo agroecológico y pastoreo racional de ovinos en predios de productores familiares de la región metropolitana”. Rodrigo García (responsable), Natalia Bajsa, Santiago Monteverde, Gustavo Benítez, Gastón Salvo, Gustavo Cabrera, Eduardo Diz, Elena Apezteguia. Proyecto Más Tecnologías para la Producción Familiar. Dirección General de Desarrollo Rural, MGAP. 2017-2018

“Impacto del manejo agrícola sobre los microorganismos del suelo involucrados en el ciclo del carbono”. Proyecto PAIE (Programa de Apoyo a la Investigación Estudiantil). Germán Pérez y Natalia Bajsa (responsables), Santiago Álvarez, Rodrigo Álvarez, Diego Salazar, Alejandro Puchiele, Felipe Silva. Comisión Sectorial de Investigación Científica (CSIC), UdelaR. 2017

“Evaluación de bacterias rizosféricas promotoras del crecimiento vegetal aisladas de plantas nativas antárticas”. Natalia Bajsa (responsable), Sebastián Tuja, Agustina Queirolo, Daniella Senatore. Instituto Antártico Uruguayo (IAU). 2016-2017

“Insumos biológicos para una agricultura sustentable”. Natalia Bajsa (responsable), Agustina Queirolo, Daniella Senatore, Gastón Carro, Germán Pérez, Nelson Diez. Proyecto por Ley de Donaciones, MEF/ AgriGro. 2016-2018

“Establecimiento de ensambles microbianos en regiones polares sujetas a importantes efectos del cambio climático, su participación en el ciclaje biogeoquímico del carbono, nitrógeno y fósforo”. Instituto Antártico Uruguayo. 2016-2017                                                                                         

“Diseño y evaluación de cepas de Saccharomyces cerevisiae modificadas para co-fermentar xilosa y glucosa a etanol a partir de material lignocelulósico”. ANII FSE_1_2014_1_102664. 2015-2017

“Desarrollo y validación tecnológica de un inoculante con inductores de nodulación”. PIEP-MIEM. Validación tecnológica llevada a cabo de forma parcial en el IIBCE. Equipo: Morel M.A., Castro S, Cagide C, Riviezzi B, Pereira A. 2016-2018

Estudio de la interacción entre bacterias endófitas nativas promotoras del crecimiento vegetal y variedades de caña de azúcar (Saccharum officinarum), cultivadas en Uruguay. Entidad financiadora: FPTA-INIA (FPTA-331). Responsable: Federico Battistoni. 1/06/2014-30/05/2017.

Desarrollo de una cepa industrial de Saccharomyces cerevisiae con capacidad lignocelulolítica mediante la expresión de enzimas aisladas del rumen bovino. Entidad financiadora: ANII- Fondo Sectorial de Energía (FSE_1_2015_1_110113). Responsable: Francisco Noya. 1/07/2016-1/07/2018.

Construcción y caracterización de una colección de bacterias endofitas promotoras del crecimiento vegetal asociadas a plantas del género Cannabis. Entidad financiadora: Jardines de Invierno S.A. Responsable: Federico Battistoni. 2017-2018.

Caracterización de bacterias endófitas nativas promotoras del crecimiento vegetal asociadas a Festuca SFRO var. Don Tomás. Entidad financiadora: ANII. Alianza para la Innovación (1-2012-1-3269). Responsable: Federico Battistoni 01/01/2013-01/10/16

“Sistemas agroforestales diseñados para mejorar la sustentabilidad de predios familiares”. Entidad financiadora: MAS-Tecnologías para la producción familiar, Dirección General de la Granja, MGAP Responsable Por IIBCE; Raúl Platero. Investigador responsable: Federico Bizzozzero (CEUTA). Finalizado Octubre 2016

“Hacia la aplicación de la producción de bio-hidrógeno como energía mediante la valorización de subproductos industriales”. Responsable: Claudia Etchebehere. Integrantes: Jorge Wenzel, Angela Cabezas, Laura Fuentes, Elena Castelló, Lucía Braga.Financiador(es): Fondo Sectorial de energía ANII_FSE_2014_102488. 2015-2016

“Valorización de la vinaza: evaluación de su uso como biofertilizante y biopesticida”. Proyecto de vinculación ALUR/ANCAP – IIBCE. Responsable: Natalia Bajsa. Integrantes: Daniella Senatore, Sergio Wajswol, Agustina Queirolo, Amabelia del Pino (Fagro), Jorge Hernández (Fagro), Omar Casanova (Fagro), Virginia Takata (Fagro), Marcos Musso (Fing), Analía Olivera (Fing), Lina Bettucci (Fcien), Raquel Alonso (Fcien), Sandra Lupo (Fcien), Susana Tiscornia (Fcien) y Dinorah Pan (Fcien) 2013 – 2017

“Estudio del potencial de sacarificación de microorganismos productores de enzimas celulolíticas para la futura producción de bioetanol”. Responsable: Dra. Susana Castro-Sowinski. Investigadores: Lorena Herrera, Victoria Braña. ANII-FSE (FSE_1_2014_1_102649). 2014- 2016

“Respuestas bióticas al cambio ambiental global: Evidencias de los ecosistemas terrestres Antárticos y sus servicios ambientales”. Equipo: Julio Campo, Luisa Falcón, Marisa Mazari, Silvia Batista. Fondo Conjunto de Cooperación México-Uruguay (AUCI-Secretaría de Relaciones Exteriores México). 2013 - 2016

“Producción sustentable en el cultivo de sorgo dulce: búsqueda de bacterias promotoras del crecimiento vegetal asociadas a Sorghum bicolor (L) Monech para su futura aplicación biotecnológica”. Responsable: Federico Battistoni. 2012-2015

“Cultivos transgénicos en Uruguay. Aportes para su comprensión desde un abordaje multidisciplinario”. Pablo Galeano (Responsable, Facultad de Química), Natalia Bajsa (IIBCE), Guillermo Galván (FAgro), Adriana Cauci (Esc. Nutrición), Marianela Barcia (FMed), Claudio Martínez (FCien), Gabriel Oyhantçabal y Ignacio Narbondo (CSEAM). Financiación: CSIC. Fondo universitario para contribuir a la comprensión pública de temas de interés general. 2015-2016

“Consolidaciòn Interdisciplinaria de Estudios en Bioseguridad”. Claudio Martínez (Responsable, FCien), Odd-Gunnar Wikmark (GenØk, Noruega), Pablo Galeano, Laura Franco (Facultad de Química), Natalia Bajsa (IIBCE), Guillermo Galván (FAgro), Adriana Cauci (Esc. Nutrición), Marianela Barcia, Sebastián Toledo (FMed), Gabriel Oyhantçabal y Ignacio Narbondo (CSEAM), Mariana Gómez, Verónica Cesio, Grisel Fernández (Centro Universitario de Paysandú), Elisa Bandeira, Virginia Vodanovich, Lara Taroco (Ministerio de Salud Pública). Financiación: Programa Semilleros, Espacio Interdisciplinario UdelaR. 2015-2016

Decoding the molecular interaction between the plant growth promoting bacteria Streptomyces sp. UYFA156 and it host Fescue arundinacea. Responsible científico: Federico Battistoni. Participantes: Patricia Vaz, Belén Fernandez, Federico Rosconi. International Center for Genetic Engineering and Biotechnology. 1/2018-1/2020

AGROMICROBIOS. Elena Fabiano (responsable en Uruguay), Federico Battistoni, Raúl Platero. Financiado por la Red Cyted. 2015-2018.

Red TRITÓN: Tratamiento y reciclaje de aguas industriales mediante soluciones sostenibles fundamentadas en procesos biológicos. Claudia Etchebehere (responsable en Uruguay), Angela Cabezas, Laura Fuentes, Lucía Braga, Jorge Wenzel, Patricia Bovio. Proyecto Red Cyted. 2015-2018

METABASE, METHAnogenic Biodiversity and activity in Arctic and Subantarctic Ecosystems affected by climate change. Claudia Etchebehere (responsable en Uruguay), Angela Cabezas, Laura Fuentes, Lucía Braga, Jorge Wenzel, Patricia Bovio Proyecto financiado por la Unión Europea, llamado ERANet-LAC. 2015-2018

 

 

Proyectos de divulgación científica 2015-2018

Un viaje al mundo microscópico. Responsable: Vanesa Amarelle. Participantes: Gastón Azziz, Karen Malán, Valentina Carrasco, María Morel, Victoria Braña, Gabriela Heijo, Daniela Arredondo, Susana Deus, Paola Scavone, Sofía Fernández, Gabriela Martínez de la Escalera, María José González, Ana Umpierrez. Financiación: Proyecto de Popularización de la Ciencia y Tecnología-ANII. Marzo 2017-Octubre 2018

Los niños que cuentan ciencia: el desafío y compromiso que tiene ser parte de la naturaleza. Responsable: María José Albo. Participantes: Natalia Mannise, Yanina Leone, Vanesa. Amarelle, Cecilia Taulé, Diego Roldan, Camila Pavón, Mauro Martinez, Laura Montes de Oca, Victoria Boix, Florencia Arredondo, Marcela Martinez. Financiación: Banco de Seguros del Estado (BSE). Marzo-Diciembre 2018

 

Proyectos de extensión 2015-2018

Microorganismos de la escuela al barrio. Responsables: Natalia Bajsa y Gabriela Illarze. Participantes: Claudia Piccini, Beatriz Bellenda, Stella Faroppa; Federico Mesa, Micaela Sanguinetti. Financiación: Apoyo a Actividades en el Medio (CSEAM-UdelaR) (2017)

 

actualizado el 4-07-2019.

Publicaciones 2015 - 2019

 

2019

Bovio P, Cabezas A, Etchebehere C. (en prensa). Preliminary analysis of Chloroflexi populations in full scale UASB methanogenic reactors. Journal of Applied Microbiology. doi:1o.1111/jam.15115.

Cabezas A, Bovio P, Etchebehere C. 2019. Commercial formulation amendment transiently affects the microbial composition but not the biogas production of a full scale methanogenic UASB reactor. Environmental Technology. doi:10.1080/09593330.2019.1600042.

Morel M, Peruzzo N, Rodriguez Juele A, Amarelle V. 2019. Comics as an educational resource to teach microbiology in the classroom. J Microbiol Biol Educ 20:1-4.

Ribeiro LF, Amarelle V, Ribeiro LFC, Guazzaroni M-E. 2019. Converting a Periplasmic Binding Protein into a Synthetic Biosensing Switch through Domain Insertion. Biomed Res Int 2019:1–15.

Amarelle V, Koziol U, Fabiano E. 2019. Highly conserved nucleotide motifs present in the 5′UTR of the heme-receptor gene shmR are required for HmuP-dependent expression of shmR in Ensifer meliloti. BioMetals 32:273–291.

Amarelle V, Sanches-Medeiros A, Silva-Rocha R, Guazzaroni ME. 2019. Expanding the Toolbox of Broad Host-Range Transcriptional Terminators for Proteobacteria through Metagenomics. ACS Synth Biol 8:647–654.

Marizcurrena JJ, Martínez-López W, Ma H, Lamparter T, Castro-Sowinski S. 2019. A highly efficient and cost-effective recombinant production of a bacterial photolyase from the Antarctic isolate Hymenobacter sp. UV11. Extremophiles, 23(1), 49-57.  

Marizcurrena JJ, Morales D, Smircich P, Castro-Sowinski S. 2019. Draft Genome Sequence of the UV-Resistant Antarctic Bacterium Sphingomonas sp. Strain UV9. Microbiol Resour Announc, 8(7), e01651-18. 

Herrera LM, Braña V, Franco Fraguas L,  Castro-Sowinski S. 2019. Characterization of the cellulase-secretome produced by the Antarctic bacterium Flavobacterium sp. AUG42. Microbiological Research. 223-225, 13-21

Azziz G, Giménez M, Romero H, Valdespino-Castillo PM, Falcón LI, Ruberto L, Mac Cormack W, Batista S. 2019. Diversity of Beta-lactamase genes in microbial mats from distinct sites of the Antarctic continent. Frontiers of Environmental Science & Engineering. 13(3):44, 2019. doi.org/10.1007/s11783-019-1128-1

Taulé C, Luizzi H, Beracochea M, Mareque C, Platero R, Battistoni F. 2019. The Mo- and Fe- nitrogenases of the endophyte Kosakonia sp. UYSO10 are necessary for growth promotion of sugarcane. Annals of Microbiology. doi.org/10.1007/s13213-019-01466-7.

Langleib M, Beracochea M, Zabaleta M, Battistoni F, Sotelo-Silveira J, Fabiano E, Iriarte A, Platero P. 2019. Draft Genome Sequence of Paraburkholderia sp. UYCP14C, a Rhizobium Strain Isolated from Root Nodules of Calliandra parvifolia. Microbiology Resource Announcements, 1 , doi: 10.1128/MRA.00173-19

Capítulos de libros

Amarelle V, Carrasco V, Fabiano E. 2019. The Hidden Life of Antarctic Rocks, p. 221–237. In Castro-Sowinski, S (ed.), The Ecological Role of Micro-organisms in the Antarctic Environment. Springer Polas Sciences. Springer International Publishing.

Giménez M, Azziz G, Gill PR, Batista S. 2019. Horizontal Gene Transfer Elements: Plasmids in Antarctic Microorganisms, p. 85–107. In Castro-Sowinski, S (ed.), The Ecological Role of Micro-organisms in the Antarctic Environment. Springer Polas Sciences. Springer International Publishing.

2018

Trovero MF, Scavone P, Platero R, Souza EM, Fabiano E, Rosconi F. 2018. Herbaspirillum seropedicae differentially expressed genes in response to iron availability. Frontiers in microbiology. 9:1430. doi: 10.3389/fmicb.2018.01430

Mareque C, Freitas da Silva T, Estebanez Vollú R, Beracochea M, Seldin L, Battistoni F. 2018. The Endophytic Bacterial Microbiota Associated with Sweet Sorghum (Sorghum bicolor) Is Modulated by the Application of Chemical N Fertilizer to the Field. International Journal of Genomics doi.org/10.1155/2018/7403670

Cagide C, Riviezzi B, Minteguiaga M, Morel MA, Castro-Sowinski S. 2018. Identification of plant compounds involved in the microbe-plant communication during the co-inoculation of soybean with Bradyrhizobium elkanii and Delftia sp. JD2. Molecular Plant-Microbe Interactions. doi: 10.1094/MPMI-04-18-0080-CR

Jara E, Morel MA, Lamolle G, Castro-Sowinski S, Simón D, Iriarte A, Musto H. 2018. The complex pattern of codon usage evolution in the family Comamonadaceae. Ecological Genetics and Genomics 6:1-8.

Catalán AI, Malan AK, Ferreira F, Gill PR, Batista SB. 2018. Propionic acid metabolism and poly-3-hydroxybutyrate-co-3-hydroxyvalerate production by a prpC mutant of Herbaspirillum seropedicae Z69. Journal of Biotechnology. 286:36-44.  

Valdespino-Castillo PM, Cerqueda-García D, Cecilia Espinosa A, Alcántara-Hernández RJ, Batista S, Merino-Ibarra M, Tas N¸ Falcón LI. 2018. Microbial distribution and turnover in Antarctic microbial mats highlight the relevance of heterotrophic bacteria in low-nutrient environments. FEMS Microbiology Ecology. 94:9. doi: 10.1093/femsec/fiy129

Callejas C, Azziz G, Souza EM, Gill PR, Batista SB. 2018. Prokaryotic diversity in four microbial mats on the Fildes Peninsula, King George Island, maritime Antarctica. Polar Biology. 41(5): 935-943.

Antelo V, Guerot AM, Mazel D, Batista SB. 2018. Class 1 integrons in conjugative plasmids of drug-resistant bacteria from Fildes Peninsula of King George Island (maritime Antarctica).  Antarctic Science. 30:22-28.

Marizcurrena JJ, Martínez-López W, Ma H, Lamparter T, Castro-Sowinski S. 2018. A highly efficient and cost-effective recombinant production of a bacterial photolyase from the Antarctic isolate Hymenobacter sp. UV11. Extremophiles. doi:10.1007/s00792-018-1059-y

Pavan ME, Pavan EE,  Glaeser SP, Etchebehere C, Kämpfer P, Pettinari MJ, Lopez NI. 2018 Proposal for a new classification of a deep branching bacterial phylogenetic lineage: transfer of Coprothermobacter proteolyticus and Coprothermobacter platensis to Coprothermobacteraceae fam. nov., within Coprothermobacterales ord. nov., Coprothermobacteria classis nov. and Coprothermobac-terota phyl. nov. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 68:1627-1632. doi:10.1099/ijsem.0.002720.

Franchi O, Bovio P, Ortega-Martínez E, Rosenkranz F, Chamy R. 2018. Active and total microbial community dynamics and the role of functional genes bamA and mcrA during anaerobic digestion of phenol and p-cresol. Bioresource Technology. doi: 10.1016/j.biortech.2018.05.060

Fuentes L, Braga L, Castelló E, Etchebehere C. 2018. Work scheme to isolate the different micro-organisms found in hydrogen producing reactors. Journal of Applied Microbiology. 125(1):96-110. doi: 10.1111/jam.13763

Wenzel J, Fiset E, Batlle-Vilanova P, Cabezas A, Etchebehere C, Balaguer DM, Colprim J, Puig S. 2018. Microbial community pathways for the production of volatile fatty acids from CO2 and electricity. Frontiers in Energy Research. 6:15. doi: 10.3389/fenrg.2018.00015

Castelló E, Braga L, Fuentes L, Etchebehere C. 2018 Possible causes for the instability in the H2 production from cheese whey in a CSTR. International Journal of Hydrogen Energy. 43:2654-2665.

Editor(es) de libro

Genomic and Postgenomic Approaches to Understand Environmental Microorganisms. Editor principal: Rafael Silva-Rocha. Editores invitados: María Eugenia Guazzaroni y Raúl A. Platero. International Journal of Genomics. 2018.  5 artículos científicos (se publicarán más en esta edición especial), 64 páginas. doi:10.1155/4140

2017

Federici MT, Bajsa N, Lagurara P, Revale S, Marcondes J, Dalla Rizza M. 2017. Soil and rhizosphere bacterial diversity in maize agro-ecosystem. Sustainable Agriculture Research; 6(3):35-51.

Pereira GP, Côrtes Oliveira R, Kinaip Bicalho S, Etchebehere C, Calábria de Araujo J.  2017. Microbial community and sulphur behaviour in phototrophic reactors treating UASB effluent under different operational conditions. Int. Biodeterioration & Biodegradation, 19:486-498.

Cisneros-Perez C, Etchebehere C, Celis lB, Carrillo-Reyes J, Alatriste-Mondragón F. 2017. Effect of inoculum pretreatment on the microbial community structure and its performance during dark fermentation using anaerobic fluidized-bed reactors. International Journal of Hydrogen Energy, 42(15):9589-9599.

Azziz G, Monza J, Etchebehere C, Irizarri P. 2017. nirS- and nirK-type denitrifier communities are differentially affected by soil type, rice cultivar and water management. European Journal of Soil Biology. 78:20-28.

Pereira AD, Cabezas A, Etchebehere C, Chernicharo CA, Calábria de Araújo J. 2017. Microbial communities in anammox reactors: a review  Environmental Technology Reviews. 6(1):74-93.

Wenzel J, Fuentes L, Cabezas A, Etchebehere C. 2017. Microbial fuel cell coupled to biohydrogen reactor: a feasible technology to increases energy yield from cheese whey. Bioprocess and Biosystems Engineering. 40(6):807-819.

Marizcurrena  JJ,  Morel M,  Braña V,  Morales D,  Martínez-Lopez W, Castro-Sowinski S. 2017. Searching for novel photolyases in UVC-resistant Antarctic bacteria. Extremophiles. doi: 10.1007/s00792-016-0914-y.

Jara E,  Morel MA, Lamolle G, Castro-Sowinski S, Simón D, Iriarte A, Musto H. 2017. The complex pattern of codon usage evolution in the family Comamonadaceae. Ecological Genetics and Genomics. doi: 10.1016/j.egg-2017.11.002.

Fullana N, Braña V, Marizcurrena JJ, Morales D, Betton J-M, Marin M, Castro-Sowinski S. 2017. Identification, recombinant production and partial biochemical characterization of an extracellular cold-active serine-metalloprotease from an Antarctic Pseudomonas isolate. AIMS Bioengineering. 4:386-401. doi: 10.3934/bioeng.2017.3.386.

Herrera LM,  García Laviña C, Marizcurrena JJ,  Volonterio O, Ponce de León R, Castro-Sowinski S. 2017. Hydrolytic enzyme-producing microbes in the Antarctic oligochaete Grania sp. (Annelida). Polar Biology. doi: 10.1007/s00300-016-2012-0

Costa D, Amarelle V, Valverde C, O´Brian MR, Fabiano E. 2017. The Irr and RirA proteins participate in a complex regulatory circuit and act in concert to modulate bacterioferritin expression in Ensifer meliloti 1021. Applied and Environmental Microbiology. 83:16.

Faoro H, Menegazzo R, Battistoni F, Gyaneshwar P, Do Amaral FP, Taulé C, Rausch S, Goncalves P, de los Santos MC, Mitra S, Heijo G, Sheu S, Chen WM, Mareque C, Tadra MZ, Baldani JI, Maluk M, Guimaraes AP, Stacey G, de Souza E, Pedrosa F, Magalhaes L, James EK. 2017. The oil-contaminated soil diazotroph Azoarcus olearius DQS-4T is genetically and phenotypically similar to the model grass endophyte Azoarcus sp. BH72. Environ Microbiol Rep. 9(3):223-238. doi: 10.1111/1758-2229.12502.

Wenzel J, Fuentes L, Cabezas A, Etchebehere C. 2017. Microbial fuel cell coupled to biohydrogen reactor: a feasible technology to increases energy yield from cheese whey. Bioprocess and Biosystems Engineering. 40(6):807-819. doi: 10.1007/s00449-017-1746-6.

Nacionales arbitradas

Senatore D, Queirolo A, Wajswol S, Bajsa N. 2017. Monitoreo de la aplicación de vinaza como fertilizante en caña de azúcar con indicadores microbianos de suelo. Innotec. 13:92-97.

Capítulos de libros

Bajsa N, Galeano P. 2016. Los cultivos transgénicos y el ambiente. En: “Cultivos Transgénicos en Uruguay: Aportes para la comprensión de un tema complejo”. Publicación final de proyecto del ‘Fondo Universitario para Contribuir a la Comprensión Pública de temas de Interés General’ de la CSIC – UdelaR. pp. 29-53.

2016
Internacionales arbitradas

Loaces I, Schein S, Noya F. 2016. Ethanol production by Escherichia coli from Arundo donax biomass under SSF, SHF or CBP process configurations and in situ production of a multifunctional glucanase and xylanase. Bioresource Technology. doi: 10.1016/j.biortech.2016.10.075.

Pérez-Pimienta J, Vargas-Tah A, López-Ortega K, Medina-López Y, Mendoza-Pérez J, Avila S, Singh S, Simmons B, Loaces I, Martínez A. 2016. Sequential enzymatic saccharification and fermentation of ionic liquid and organosolv pretreated agave bagasse for ethanol production. Bioresource Technology. doi: 10.1016/j.biortech.2016.11.064.

Taulé C, Castillo A, Villar S, Olivares F, Battistoni F. 2016. Endophytic colonization of sugarcane (Saccharum officinarum) by the novel diazotrophs Shinella sp. UYSO24 and Enterobacter sp. UYSO10. Plant and Soil. 403:403–418.

Loaces I, Bottini G, Moyna G, Fabiano E, Martínez A, Noya F. 2016. EndoG: a novel multifunctional halotolerant glucanase and xylanase isolated from cow rumen. Journal of Molecular Catalysis B: Enzymatic. 126:1-9.

Amarelle V, Rosconi F, Lázaro JM, Buldain G, Noya F, O´Brian M, Fabiano E. 2016. HmuS and HmuQ of Ensifer/Sinorhizobium meliloti degrade Heme In Vitro and Participate in Heme Metabolism In Vivo. Biometals. 29:333-347.

Platero R, James E, Ríos C, Iriarte A, Sandes L, Zabaleta M, Battistoni F, Fabiano E. 2016. Novel Cupriavidus strains isolated from root nodules of native Uruguayan Mimosa species. Applied and Environmental Microbiology. 82(1):3150-3164.

Rosconi F, Trovero F, De Souza E, Fabiano E. 2016. Serobactins mediated iron acquisition systems optimize competitive fitness of Herbaspirillum seropedicae inside rice plants. Environmental Microbiology. 18:2523–2533

Loaces I, Rodríguez C, Amarelle V, Fabiano E, Noya F. 2016. Improved glycerol to ethanol conversion by Escherichia coli using a metagenomic fragment isolated from an anaerobic reactor. Journal of Industrial Microbiology & Biotechnology. 43(10):1405-1416.

Rosconi F, De Vries SPW, Baig A, Fabiano E, Grant AJ. 2016. Essential genes for in vitro growth of the endophyte Herbaspirillum seropedicae SmR1 revealed by transposon insertion sequencing. Applied and Environmental Microbiology. 82(22):6664-6671.

Iriarte A, Platero R, Romero V, Fabiano E, Sotelo-Silveira J. 2016. Draft Genome Sequence of Cupriavidus UYMMa02A, a novel Beta-rhizobium species. Genome Announcements. 4(6):e01258-16

Etchebehere C, Castelló E, Wenzel J, del Pilar Anzola-Rojas M, Borzacconi L, Buitrón G, Cabrol L, Carminato VM, Carrillo-Reyes J, Cisneros-Pérez C, Fuentes L, Moreno-Andrade I, Razo-Flores E, Filippi GR, Tapia-Venegas E, Toledo-Alarcón J, Zaiat M. 2016. Microbial communities from 20 different hydrogen-producing reactors studied by 454 pyrosequencing. Appl Microbiol Biotechnol. doi: 10.1007/s00253-016-7325-y

Catalán AI, Callejas C, Martínez G, Varela H, Batista SB. 2016. Synthesis of Polyhydroxybutyrate  by Herbaspirillum seropedicae  Z69 Lac+ Using Whey Permeate. Asian Journal of Microbiology, Biotechnology & Environmental Sciences. 18(4):875-882.

Morel MA, Iriarte A, Jara E, Musto H, Castro-Sowinski S. 2016. Revealing the biotechnological potential of Delftia sp. JD2 by a genomic approach. Aims Bioengineering 3:156 doi:10.3934/bioeng.2016.2.156

Herrera LM, García-Laviña CX, Marizcurrena JJ, Volonterio O, Ponce de León R, Castro Sowinski S. 2016. Hydrolytic enzyme producing microbes in the Antarctic oligochaete Grania sp. (Annelida). Polar Biology. doi:10.1007/s00300-016-2012-0

Capítulos de libros

Yanes ML, Bajsa N. 2016. Fluorescent Pseudomonas: A Natural Resource from Soil to Enhance Crop Growth and Health. En: Microbial Models: From Environmental to Industrial Sustainability. S. Castro Sowinski (Ed). Springer Singapore. pp: 323-349.

Malan AK, Fagundez A, Gill PR, Batista SB. 2016. Engineering hemicellulose-derived xylose utilization in Saccharomyces cerevisiae for biotechnological applications. In: Microbial Models: From Environmental to Industrial Sustainability. S. Castro-Sowinski (Ed), Springer Singapore. pp:41-56. ISBN 978-981-10-2554-9

Braña V, Cagide C, Morel MA. 2016. The sustainable use of Delftia in agriculture, bioremediation, and bioproducts synthesis. In: Microbial models: from environmental to industrial sustainability. S Castro-Sowinski (Ed.). Springer Singapore. pp:227-247. ISBN 978-981-10-2555-6.

Morel MA, Cagide C, Castro-Sowinski S. 2016. The contribution of secondary metabolites in the success of bioformulations. In: Bioformulations: for sustainable agriculture. N Arora, S Mehnaz y R Balestrini (Eds.). Springer India. pp:235-250. ISBN 978-81-322-2777-9.

Editor(es) de libro

Edición del libro: “Microbial models: from environmental to industrial sustainability”. Editor: Susana Castro-Sowinski. De la serie Microorganisms for sustainability 1, Series Ed.: Naveen Kumar Arora. Vol. 1, (2016) 15 capítulos, 348 páginas.

2015

Internacionales arbitradas

Ferrés I, Amarelle V, Noya F, Fabiano E. 2015. Construction and screening of a functional metagenomic library to identify novel enzymes produced by Antarctic bacteria. Advances in Polar Science. 26:80-85.

Ferrés I, Amarelle V, Noya F, Fabiano E. 2015. Identification of Antarctic culturable bacteria able to produce diverse enzymes of potential biotechnological interest.  Advances in Polar Science. 26:65-73

Rodríguez MC, Loaces I, Amarelle V, Senatore D, Iriarte A, Fabiano E, Noya F. 2015. Est10: A Novel Alkaline Esterase Isolated from Bovine Rumen Belonging to the New Family XV of Lipolytic Enzymes. PLoS ONE 10(5):e0126651.

Loaces I, Amarelle V, Muñoz-Gutierrez I, Fabiano E., Martínez A, Noya, F. 2015. Improved ethanol production from biomass by a rumen metagenomic DNA fragment expressed in Escherichia coli MS04 during fermentation. Applied Microbiology and Biotechnology. 99(21):9049-9060.

Mareque C, Taulé C, Beracochea M, Battistoni F. 2015. Isolation, characterization and plant growth promotion effects of putative bacterial endophytes associated with sweet sorghum (Sorghum bicolor (L) Moench). Annals of Microbiology. 65(2):1057-1067.

De los Santos MC, Taulé C, Mareque C, Beracochea M, Battistoni F. 2015. Identification and characterization of part of the bacterial community associated with field-grown tall fescue (Festuca arundinacea) cv. SFRO Don Tomás in Uruguay. Annals of Microbiology. doi: 10.​1007/​s13213-015-1113-2.

De Meyer S, Fabiano E, Tian R, Van Berkum P, Seshadri R, Reddy T, Markowitz V, Ivanova N, Pati A, Woyke T, Howieson J, Kyrpides N, Reeve W. 2015. High-quality permanent draft genome sequence of the Parapiptadenia rigida-nodulating Cupriavidus sp. strain UYPR2.512. Standards in Genomic Sciences. 11:10-13. doi: 10.1186/1944-3277-10-13

Medema M, Kottmann R, Yilmaz, et al…...; Rosconi F,; …...et al…..; Breiling R, Takano E, Glöckner FO. 2015. Minimum Information about a Biosynthetic Gene cluster. Nature Chemical Biology.11:625- 631.

Cabezas A, Calabria de Araujo J, Callejas C, Gales A, Hamelin J, Marone A, Sousa DZ, Trably E, Etchebehere C. 2015. How to use molecular biology tools for the study of the anaerobic digestion process? Reviews in Environmental Science and Bio/Technology. 14:555-593.

Cabezas A, Pommerenke B, Boon N, Friedriech MW. 2015. Geobacter, Anaeromyxobacter and Anaerolineae populations are enriched on anodes of root exudate driven microbial fuel cells in rice field soil. Environ. Microbiol. Reports. 7:489-497.

Cisneros-Pérez C, Carrillo-Reyes J, Celis LB, Alatriste-Mondragón F, Etchebehere C, Razo-Flores E. 2015. Inoculum pretreatment promotes differences in hydrogen production performance in EGSB reactors. International Journal of Hydrogen Energy. 40(19):6329-6339. doi: 10.1016/j.ijhydene.2015.03.048

Ferraz Júnior ADN, Etchebehere C, Zaiat M. 2015. Mesophilic hydrogen production in acidogenic packed-bed reactors (APBR) using raw sugarcane vinasse as substrate: Influence of support materials. Anaerobe. 34:94-105.  doi: 10.1016/j.anaerobe.2015.04.008

Ferraz Júnior ADN, Etchebehere C, Zaiat M. 2015. High organic loading rate on thermophilic hydrogen production and metagenomic study at an anaerobic packed-bed reactor treating a residual liquid stream of a Brazilian biorefinery Bioresource Technology, 186:81-88. doi: 10.1016/j.biortech.2015.03.035

Gomes BC, Rosa PRF, Etchebehere C, Silva EL, Amâncio Varesche MB. 2015. Role of homo-and heterofermentative lactic acid bacteria on hydrogen-producing reactors operated with cheese whey wastewater International Journal of Hydrogen Energy. 40(28):8650-8660. doi: 10.1016/j.ijhydene.2015.05.035

Morel MA, Cagide C, Minteguiaga M, Dardanelli M, Castro-Sowinski S. 2015. The pattern of secreted molecules during the co-inoculation of alfalfa plants with Sinorhizobium meliloti and Delftia sp. JD2: an interaction that improves plant yield. Molecular Plant-Microbe Interaction. 28:134-142.

Morel MA, Braña V, Cagide C, Martínez-Rosales C, Castro-Sowinski S. 2015. Five-year biomonitoring of aquatic ecosystems near Artigas Antarctic scientific base, King George island. Advances in Polar Research 26:102-106.

Martínez-Rosales C, Marizcurrena JJ, Iriarte A, Fullana N, Musto H, Castro Sowinski S. 2015. Characterizing proteases in an Antarctic Janthinobacterium sp. isolate: Evidence of a protease horizontal gene transfer event. Advances in Polar Science 26:88-95.

Antelo V, Romero H, Batista SB. 2015. Detection of integron integrase genes on King George Island, Antarctica”. Advances in Polar Science. 26(1):30-37.

 

actualizado el 7-07-2019.

Orientación de estudiantes:

 

Tesis de Grado:

Carolina Croci. (en curso). “Nuevas herramientas para el estudio de la expresion génica en Cupriavidus”. Tesina de grado para la Licenciatura en Bioquímica, UdelaR. Inicio Octubre 2018. Orientador: Raúl Platero

Cecilia Herrmann. (en curso). “Evaluación de una formulación en base a Bradyrhizobium elkanii y Azospirillum brasilense para cultivos de soja. Tesina de grado para la Licenciatura en Biología, opción Biotecnología, UdelaR. Inicio 2015. Orientadora: María Morel.

Alejandra Fagúndez. (en curso). “Diseño de cepas de Saccharomyces cerevisiae capaces de fermentar xilosa a etanol”.      Tesina degrado de la Licenciatura en Bioquímica, UdelaR.  Inicio 2014. Orientadora: Silvia Batista, Karen Malan.

Inés Etchelet, (en curso). Tesina de grado de la Licenciatura en Biología, UdelaR. Inicio 2018. Proyecto APIPE (SUM). Orientadoras: Claudia Etchebehere, Laura Fuentes.

Mariangeles García. (en curso). “Caracterización de bacterias filamentosas en sistemas de lodos activados para el tratamiento de aguas residuales industriales”. Tesina de grado de la Licenciatura en Bioquímica, UdelaR. Inicio julio 2016. Proyecto APIPE (SUM). Orientadoras: Ángela Cabezas y Patricia Bovio.

Agustina Queirolo. (en curso). Efecto de la aplicación de un activador biológico en cultivos de soja y citrus sobre los microorganismos del suelo” Trabajo de final de carrera de Licenciatura en Biología de la Facultad de Ciencias, inicio junio 2016. Orientadoras: Natalia Bajsa y Daniella Senatore.

Daniela Alves, (en curso). Tesina de grado de la Licenciatura de Ciencias Biológicas, UdelaR. Inicio setiembre 2016. Orientadoras: Claudia Etchebehere y Bruna Martins.

Diego Roldán. 2018. “Construcción y análisis funcional de bibliotecas multigenómicas generadas a partir de aislamientos antárticos”. Tesina de grado de la Licenciatura en Bioquímica, UdelaR. Orientadora: Vanesa Amarelle.

Lucía Coimbra. 2018. “Diseño de cepas de Saccharomyces cerevisiae modificadas para co-fermentar xilosa y glucosa a etanol”.  Tesina de grado de la  Licenciatura de Ciencias Biológicas. Orientadoras: Silvia Batista y Karen Malán.

Florencia Garabato. 2018. “Descripción de nuevos rizobios asociados a leguminosas nativas”. Tesina de grado para la Licenciatura en Bioquímica, UdelaR. Orientador: Raúl Platero.

Matilde Lanza. 2018. “Evaluación de la capacidad de promover el crecimiento vegetal en diferentes cultivos por cuatro cepas endófitas diazótrofas”. Tesina de grado para la Licenciatura en Bioquímica, UdelaR. Financiamiento parcial APIPE-SUM. Orientadores: Cecilia Taulé y Federico Battistoni.

Braulio Riviezzi. 2018. “Bradyrizobios pre-incubados con flavonoides: una estrategia para mejorar el rendimiento de cultivos de soja”. Tesina de grado para la Licenciatura en Biología, opción Biotecnología, UdelaR. Contrato por proyecto a PIEP-MIEM. Orientadora: María Morel.

Sergio Wajswol. 2018. “Efecto de la aplicación de vinaza en cultivos de caña de azúcar: estudio de la comunidad bacteriana” Tesina de grado de la Licenciatura en Ciencias Biológicas, UdelaR. Beca de Iniciación a la Investigación (ANII) y APIPE-SUM. Orientadoras: Natalia Bajsa y DaniellaSenatore.

Antonella Galliazzi. 2017. "Aislamiento y caracterización de bacterias desnitrificantes en muestras de la Antártida capaces de biorremediar Diesel a bajas temperatura". Tesis de grado de Ingeniería en Biotecnología, Universidad ORT. Orientadora: Ángela Cabezas.

Florencia Ocampo. 2017. “Puesta a punto de herramientas moleculares estándar para el estudio de Cupriavidus simbiontes de Mimosas nativas”. Tesina de grado de la Licenciatura en Ciencias Biológicas, UdelaR. Orientador: Raúl Platero.

Valentina Carrasco. 2016. “Generación y caracterización de una colección de bacterias endolíticas cultivables de origen antártico” Tesina de grado de la Licenciatura en Ciencias Biológicas, UdelaR. Orientadoras: Elena Fabiano y Vanesa Amarelle.

Florencia Pucurull. 2016. "Expresión heteróloga de una posible manganeso oxidasa bacteriana de origen antártico". Tesina de grado de la Licenciatura en Bioquímica, UdelaR. Orientadores: Vanesa Amarelle, Elena Fabiano.

Ignacio Ferrés. 2015. "Búsqueda de enzimas bacterianas antárticas con potencial aplicación biotecnológica mediante una aproximación metagenómica funcional". Tesina de grado de la Licenciatura en Ciencias Biológicas, UdelaR. Orientador: Vanessa Amarelle.

Gabriela Heijo. 2015. "Construcción y caracterización de una colección de probables endófitos nativos asociada a la variedad M81E de sorgo dulce". Tesis de grado de la Licenciatura en Ciencias Biológicas, UdelaR. Financiamiento ANII-Beca Iniciación y APIPE-SUM.Orientador: Federico Battistoni.

Laura Sandes. 2015. “Análisis de Cupriavidus asociados a Mimosas nativas”. Tesina de grado de la Licenciatura en Bioquímica, UdelaR. Orientadores: Elena Fabiano, Raúl Platero.

Florencia Pucurull. 2016. "Expresión heteróloga de una posible manganeso oxidasa bacteriana de origen antártico". Tesina de grado de la Licenciatura en Bioquímica, UdelaR. Orientadores: Vanesa Amarelle, Elena Fabiano.

Lucía Braga. 2015. “Evaluación de la capacidad promotora del crecimiento vegetal de una cepa de Pseudomonas fluorescens y la influencia de su inoculación sobre la comunidad microbiana de la rizósfera de alfalfa”. Tesina de grado de la Licenciatura en Ciencias Biológicas, UdelaR. Orientadora: María Lis Yanes.

 

Tesis de Maestrías:

Patricia Bovio. (en curso). “Estudio de microorganismos no cultivables del filo Chloroflexi que pueden causar problemas en reactores metanogénicos”. Maestría en Biotecnología, UdelaR. Beca ANII. Orientadores: Angela Cabezas y Claudia Etchebehere. Inicio: 2013 (Pasaje a doctorado).

Laura Fuentes. (en curso). “Obtención de energía limpia a partir de desechos: Producción de hidrógeno por fermentación oscura y electricidad utilizando celdas de combustible microbiana a partir suero de queso” Maestría en Biotecnología, UdelaR. Beca ANII. Orientador: Claudia Etchebehere. Inicio: 2013 (Pasaje a doctorado).

Laura Sandes. (en curso). “Bases moleculares de la interacción Cupriavidus-Mimosa” PEDECIBA Biología. Beca ANII, CAP. Inicio 2015. Orientador: Raúl Platero.

Gabriela Heijo. (en curso). “Promoción del crecimiento vegetal por bacterias endófitas diazótrofas asociadas a plantas de sorgo dulce (Sorghum bicolor)” PEDECIBA Biología. Beca ANII y CAP-UdelaR finalización. Inicio 2015. Orientador: Federico Battistoni

Belén Fernández. (en curso). “Caracterización de la interacción entre la cepa endófita Streptomyces sp. UYFA156 y plantas de festuca”  PEDECIBA Biología. Beca ANII. Inicio 2018. Orientadores: Patricia Vaz y Federico Battistoni.

Matilde Lanza. (en curso). “Respuesta de plantas de sorgo dulce (Sorghum bicolor) a la inoculación con diazótrofos bacterianos”. Posgrado en Biotecnología. Facultad de Ciencias, UdelaR. Beca ANII. Inicio 2018. Orientadores: Federico Battistoni y Cintia Mareque.

Valentina Carrasco. (en curso). “Caracterización de bacterias endolíticas de ambientes fríos” PEDECIBA Biología. Beca CAP. Inicio 2016. Orientadoras: Elena Fabiano y Vanesa Amarelle.

Braulio Riviezzi. (en curso). “Implicancias de la interacción triple soja-bradyrizobios-Defltia sp.JD2 sobre la respuesta vegetal” Programa de Biotecnología. Facultad de Ciencias, UdelaR. Beca ANII. Inicio 2018. Orientadora: Dra. María Morel.

Matías Giménez. (en curso). "Detección y caracterización de plásmidos asociados a resistencia a antibióticos en muestras de la Península Fildes (Isla Rey Jorge)”. PEDECIBA Biología. Beca ANII. Inicio: 2016. Orientadores: Gastón Azziz y Silvia Batista.

Daniel Lassevich. “Caracterización de biopreparados orgánicos producidos localmente y evaluación de su efecto en el rendimiento de los cultivos y la salud del suelo”. PEDECIBA Biología. Inicio 2017. Orientadores: Natalia Bajsa y Raúl Platero.

Lucía Coimbra. (en curso). “Ingeniería genética aplicada a una cepa industrial de Saccharomyces cerevisiae, orientada a la producción de bioetanol de segunda generación” Posgrado de Biotecnología. Facultad de Ciencias, UdelaR. Beca ANII. Inicio 2019. Orientador: Silvia Batista. 

Martín Beracochea. 2018. "Genómica de bacterias endófitas promotoras del crecimiento vegetal asociadas al cultivo caña de azúcar (Saccharum officinarum)". PEDECIBA Bioinformática. Beca ANII. Orientador: Federico Battistoni.

Célica Cagide. 2018.Análisis del establecimientos de soja mediante el uso de consorcios bradyrizobios-Delftia”. PEDECIBA-Biología. Becas ANII y CAP de finalización de posgrado. Orientadoras: Dras. Susana Castro y María Morel.

Lucía Braga. 2017. “Efecto de la homoacetogénesis sobre la estabilidad de la producción de hidrógeno”. Maestría en Biotecnología, UdelaR. Orientadores: Elena Castelló y Claudia Etchebehere.

Mariana Buadas. 2017. “Diversidad microbiana en ánodos de celdas de combustibles microbianas de sedimento”. UdelaR-PEDECIBA Química. Orientadores: Javier Menes y Angela Cabezas.

Ana Karen Malán. 2015.“Producción de polihidroxialcanoatos a partir de hidrolizado de hemicelulosa”. PEDECIBA Biología. Beca ANII. Director de tesis: Dra. Silvia Batista.

Victoria Braña. 2016. “Enzimas con potenciales aplicaciones biotecnológicas: producción de una enzima lacasa de origen bacteriano”. PEDECIBA Biología. Beca ANII y CAP-Finalización de Posgrado. Orientadores: Susana Castro y Raúl Platero.

Fernanda Trovero. 2015. “Importancia de los sistemas de captación de hierro utilizados por el endófito Herbaspirillum seropedicae Z67 en la colonización de plantas de arroz”. PEDECIBA Biología. Beca ANII y de finalización de posgrados de CAP. Orientadores: Federico Rosconi y Raúl Platero.

 

Tesis de Doctorado:

Cecilia Rodriguez. (en curso). “Identificación de mecanismos y nuevos actores moleculares involucrados en el proceso de FBN en beta-rizobios utilizando una aproximación de genómica molecular”  PEDECIBA Biología. Beca ANII. Inicio 2015. Orientadores: Raúl Platero y Elena Fabiano

Ana Karen Malán. (en curso). "Estudio del metabolismo de D-xilosa y su regulación en Herbaspirillum seropedicae Z69” PEDECIBA Biología. Beca ANII. Inicio 2015. Orientadora: Silvia Batista Co-orientadora: Susana Castro

Daniella Senatore. (en curso).Uso de vinaza como biofertilizante de caña de azúcar: efectos sobre la comunidad microbiana” PEDECIBA Biología. Beca ANII. Inicio 2016. Orientadores: Jorge Monza y Natalia Bajsa.

Patricia Bovio. (en curso). “Estudio de microorganismos no cultivables del filo Chloroflexi que pueden causar problemas en reactores metanogénicos”  Posgrado de Biotecnología, Facultad de Ciencias, UdelaR. Beca ANII. Inicio 2015. Orientador: Ángela Cabezas, Co-orientador: Claudia Etchebehere.

Laura Fuentes. (en curso). “Producción de hidrógeno por fermentación oscura y producción de electricidad a partir suero de queso y otros subproductos industriales” Posgrado de Biotecnología, Facultad de Ciencias, UdelaR. Beca ANII. Inicio 2015. Orientador: Claudia Etchebehere.

Tania Trasante. (en curso). “Indicadores biológicos de calidad de suelos: evaluación del impacto del uso de fertilización orgánica en suelos agrícolas” PEDECIBA Biología. Inicio 2017. Orientadoras: Natalia Bajsa, Adriana Montañez y Margarita Sicardi.

Verónica López. “Desarrollo de una cepa industrial de Escherichia coli con capacidad lignocelulolítica para producción de succinato” PEDECIBA Biología. Inicio 2017. Orientadores: Francisco Noya y Vanesa Amarelle.

Cintia Mareque. (en curso). “Estudio de la interacción entre las bacterias nativas promotoras del crecimiento vegetal Rhizobium sp. UYSB13 y Pantoea sp. UYSB45 y plantas de sorgo dulce (Sorghum bicolor) variedad M81E”. PEDECIBA Biología. Beca ANII. Inicio 2014. Orientador: Federico Battistoni.

Verónica Antelo. 2019. “Elementos de transferencia horizontal genética en bacterias antárticas”. PEDECIBA Biología. Beca ANII. Orientadores: Silvia Batista, Didier Mazel.

Cecilia Taulé. 2018. “Interacción entre probables endófitos nativos promotores del crecimiento vegetal y variedades comerciales de caña de azúcar cultivadas en Uruguay” PEDECIBA Biología. Beca ANII y CAP-Udelar (finalización). Orientador: Federico Battistoni.

Cecilia Callejas. 2017. “Reactores metanogénicos escala industrial de tratamiento de aguas residuales, correlación entre la microbiología, cinética y los parámetros de operación”.   UdelaR-PEDECIBA Química. Beca ANII. Orientadoras: Liliana Borzacconi y Claudia Etchebehere.

Jorge Wenzel. 2017. “Optimización de la producción de energía a partir de aguas residuales industriales utilizando microorganismos”. UdelaR-PEDECIBA Química. Beca ANII. Orientadora: Claudia Etchebehere y Ángela Cabezas.

Vanesa Amarelle. 2016. “Elucidación de los sistemas implicados en la captación y utilización de hemina como fuente de hierro nutricional en Sinorhizobium meliloti”. PEDECIBA Biología. Beca ANII. Orientadores: Elena Fabiano y Francisco Noya.

Ana Inés Catalán. 2016. “Análisis de flujos metabólicos: estrategia para  optimizar la síntesis  bacteriana de polímeros de reserva”. UdelaR-PEDECIBA Química. Beca ANII. Orientadores: Silvia Batista, Fernando Ferreira.

Inés Loaces. 2015. “Obtención de nuevas enzimas para la producción de biocombustibles lignocelulósicos”.  PEDECIBA Biología. Beca ANII. Orientadores: Alicia Arias y Francisco Noya.

Natalia Bajsa. 2015. “Bacterias promotoras del crecimiento vegetal en suelos con rotación de cultivos” PEDECIBA Biología. Beca ANII. Orientadora: Alicia Arias.

 

actualizado el 4-07-2019

Docencia:

Organización de cursos de posgrado


Nacionales

Curso de posgrado Teórico-Práctico “Microorganismos promotores del crecimiento vegetal: Diversidad, Mecanismos y Aplicaciones”. PEDECIBA- Biología y Maestría en Ciencias Agrarias (Facultad de Agronomía). Organizadores: Natalia Bajsa, Raúl Platero y Federico Battistoni. 17 al 28 de setiembre de 2018. Horas teóricas: 30. Horas prácticas. 36.

Organización del Scientific Writing and Publishing Workshop. Financiado por American Society for Microbiology, IIBCE, 31 de mayo 2018. Horas teóricas 4horas. Coordinado por: Dra. Claudia Etchebehere (ASM senior Ambassador) MSc. María José Gonzalez (ASM young Ambassador) organizado en el marco de las actividades como embajadoras de la ASM en Uruguay.

Transferencia horizontal de material genético en bacterias”. Financiamiento de PEDECIBA y ANII (Prof. D. Mazel; Prof. Daniela Centrón; Prof. Paula Quiroga; Dr. Mariano Pistorio) 9 al 18 de octubre de 2017. Coordinadora: Silvia Batista.

Técnicas metagenómicas de bioprospección. Curso PEDECIBA. Del 19 al 29 de Julio de 2016. Total de horas dictadas: 40 horas de práctico, 20 horas de teórico. Créditos otorgados: 8. Coordinadores: Vanesa Amarelle y Francisco Noya.

Bacterias Promotoras del Crecimiento Vegetal y su Interacción con la planta. Organizadores: Federico Battistoni, Jorge Monza y Elena Fabiano. 9 al 23 de noviembre, 2015. Financiado por PEDECIBA y VCT-ANII. 20 hs de clases teóricas, 34 horas de clases prácticas y 6 horas de taller.

 

Internacionales

Workshop sobre métodos de monitoreo de sistemas de tratamiento de aguas residuales. Realizado en el marco de la  Red Cyted Tritón de España y Uruguay. Financiado por Cyted. Valparaíso 26 de julio de 2017. Coordinadora: Claudia Etchebehere

Metagenómica Funcional y Descriptiva como herramientas de bioprospección. Curso CABBIO y PEDECIBA. 24 de noviembre al 7 de diciembre 2018. 25 hs teórico y 45 hs de práctico. Coordinadora: Vanesa Amarelle.

Eliminación biológica de nitrógeno de las aguas residuales. Segundo curso organizado por la Red Cyted. Curso teórico dirigido a profesionales en el área, empresas, estudiantes de posgrado. 15 horas de teórico. Participaron docentes de la Red Cyted Tritón de España y Uruguay. Financiado por Cyted. Montevideo 19 Y 20 de julio de 2017. Coordinadora: Claudia Etchebehere.

IV Escuela Regional de Microbiología: diversidad microbiana: aspectos ecológicos y biotecnológicos”. Organizadores: Depto de Microbiología y Depto de Bioquímica y Genómica Microbianas. 19 al 30 de octubre. Financiado por PEDECIBA, VCT-ANII y UNU-Biolac.  16 horas de clases teóricas, 28 horas de clases prácticas y 20 horas de taller.

actualizado el 4-07-2019.

Galería de Fotos

 

 

Galería de Fotos


 

actualizado el 4-6-2016

 

Contactos:

Elena Fabiano
Mail: efabiano@iibce.edu.uy ; elena.fabiano@gmail.com

Francisco Noya
Mail: fnoya@iibce.edu.uy ; francisco.noya@gmail.com

Claudia Etchebehere
Mail: cetchebe@iibce.edu.uy

Federico Battistoni
Mail: fbattistoni@iibce.edu.uy

Sivia Batista
Mail: sbatista@iibce.edu.uy

Teléfono: (598) 24871616 int. 146

actualizado el 4-07-2019.